Theo dự thảo, cá nhân được xác định là chủ sở hữu hưởng lợi sẽ bị áp dụng biện pháp hoãn xuất cảnh trong trường hợp doanh nghiệp nợ thuế. Tuy nhiên, VCCI cho rằng điều này chưa hợp lý. Căn cứ Luật Doanh nghiệp, chỉ cần nắm giữ từ 25% vốn điều lệ, một cá nhân đã được coi là chủ sở hữu hưởng lợi, bất kể có tham gia điều hành hay không.
Trong thực tế, chủ sở hữu hưởng lợi chỉ chịu trách nhiệm trong phạm vi vốn góp hoặc cổ phần nắm giữ, chứ không chịu trách nhiệm vô hạn với nghĩa vụ thuế của doanh nghiệp. Việc mở rộng đối tượng hoãn xuất cảnh sang cả nhóm này bị đánh giá là quá rộng, ảnh hưởng đến quyền tự do đi lại, đặc biệt với các nhà đầu tư không tham gia quản lý doanh nghiệp.
Mục tiêu của biện pháp tạm hoãn xuất cảnh là nhằm tạo sức ép để người quản lý, điều hành doanh nghiệp hoàn thành nghĩa vụ thuế. Nếu áp dụng cho cả chủ sở hữu hưởng lợi, quy định có thể đi chệch mục tiêu, đồng thời làm giảm sức hấp dẫn của môi trường đầu tư. VCCI cảnh báo các nhà đầu tư nước ngoài có thể e ngại khi đứng trước nguy cơ bị hạn chế xuất cảnh chỉ vì doanh nghiệp góp vốn chưa nộp thuế.
Theo VCCI, cơ quan thuế hiện có nhiều biện pháp cưỡng chế hiệu quả như phong tỏa tài khoản ngân hàng, dừng sử dụng hóa đơn, kê biên và đấu giá tài sản. Đây là các công cụ đủ mạnh để xử lý vi phạm. Do vậy, biện pháp hoãn xuất cảnh chỉ nên áp dụng đặc thù và đúng đối tượng, thay vì mở rộng sang chủ sở hữu hưởng lợi.
Ngoài vấn đề trên, VCCI cũng lưu ý nguy cơ “khoảng trống pháp lý” trong quản lý thuế thu nhập cá nhân. Hiện Luật Thuế thu nhập cá nhân đã quy định trách nhiệm khấu trừ của tổ chức chi trả, nhưng dự thảo sửa đổi Luật này và Luật Quản lý thuế lại chưa đề cập, dẫn tới thiếu đồng bộ trong hệ thống pháp luật.
Một bất cập khác liên quan đến nghĩa vụ thuế khi doanh nghiệp giải thể hoặc phá sản. Dự thảo yêu cầu nộp hồ sơ khai thuế trong vòng 45 ngày kể từ thời điểm giải thể, phá sản. Tuy nhiên, trên thực tế, doanh nghiệp vẫn phải duy trì hoạt động tối thiểu để hoàn tất thủ tục với cơ quan đăng ký kinh doanh và cơ quan thuế, phát sinh thêm chi phí, hóa đơn và thuế đầu vào. VCCI kiến nghị cơ quan soạn thảo bổ sung quy định xử lý để tránh chồng chéo và gánh nặng không cần thiết cho doanh nghiệp.
Theo VCCI, các góp ý nhằm đảm bảo quyền lợi hợp pháp của doanh nghiệp và nhà đầu tư, đồng thời xây dựng môi trường kinh doanh minh bạch, ổn định và hấp dẫn hơn, qua đó củng cố niềm tin của cộng đồng doanh nghiệp trong và ngoài nước đối với Việt Nam.